Pater Prapta Diharja atau akrab dipanggil Romo Prapta dikenal sebagai pribadi yang sederhana dan apa adanya. Kesederhanaan ini ia tunjukkan dengan kesetiaan menghayati panggilannya sebagai seorang imam Jesuit. Kesederhanaan ini membuatnya dengan gampang bergaul dan diterima banyak orang.

Pater Prapta adalah imam Jesuit yang telah melayani umat beriman, baik dalam karya paroki maupun karya pendidikan. Dalam karya paroki, Pater Prapta pernah bekerja di Paroki Ambarawa, sedangkan dalam karya pendidikan, Pater Prapta lebih banyak diutus untuk melayani di Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta. Pater Prapta memiliki keahlian dalam bidang bahasa Indonesia, maka ketika di Universitas Sanata Dharma ia pun mengampu mata kuliah yang berkaitan dengan bahasa dan sastra Indonesia. Selain pendidikan tinggi, Pater Prapta pernah juga pernah bekerja di lingkup pendidikan menengah, antara lain di Seminari Menengah Santo Petrus Canisius, Mertoyudan.

Pater Prapta Diharja dilahirkan di Klaten, Jawa Tengah pada 23 November 1952 dari pasangan suami istri Bapak Federicus Supi Harjasumarta dan Ibu Feronika Supirah Harjasumarta. Dua hari setelah kelahirannya, ia dibaptis di Gereja Paroki Wedi, Klaten (24/11/1952). Sakramen Penguatan juga ia terima di gereja yang sama. Pendidikan dasar ia tempuh di Sekolah Dasar Kanisius, Wedi (1959-1964) dan pendidikan menengah pertama ia tempuh di SMP Pangudi Luhur, Wedi (1964-1968). Setamat SMP, Pater Prapta ingin menjadi guru, oleh karena itu ia melanjutkan pendidikannya di Sekolah Pendidikan Guru (SPG) van Lith, Muntilan (1969-1971). Karena ingin menjadi imam, ia memutuskan untuk mendaftar ke Seminari Menengah Santo Petrus Canisius, Mertoyudan (1972-1973) pada Kelas Persiapan Atas (KPA).

Tertarik untuk bergabung dengan Serikat Jesus, setelah menyelesaikan program KPA-nya, Pater Prapta melamar menjadi anggota Serikat Jesus di Novisiat Santo Stanislaus, Girisonta dan diterima. Ia kemudian secara resmi memulai masa novisiat pada 31 Desember 1973. Tiga tahun kemudian, tepatnya pada 1 Januari 1976, Pater Prapta mengucapkan kaul pertama.

Formasi Filsafat dijalani Pater Prapta di STF Driyarkara, Jakarta (1976-1978). Setelah menyelesaikan formasi filsafat, Pater Prapta diutus untuk menjalani formasi Tahap Orientasi Kerasulan (TOK) dengan belajar Bahasa dan Sastra Indonesia di Universitas Indonesia (UI), Jakarta (1979-1985). Setelah lulus dari UI, Pater Prapta menjalani formasi teologi di Fakultas Teologi Wedabhakti, Yogyakarta selama tiga tahun (1985-1988). Tahbisan diakon ia terima pada 27 Januari 1988 di Yogyakarta dari tangan Mgr. Blasius Pujaraharja, Pr. dan tahbisan imam ia terima pada 21 Juli 1988 dari tangan Uskup Agung Semarang, Julius
Darmaatmaja di Gereja St. Antonius Padua, Purbayan, Surakarta.

Pater Prapta menjalani formasi akhir/tersiat di Kolese Stanislaus, Girisonta di bawah bimbingan P Darminta, S.J. selama lebih kurang sebelas bulan (3 September 1990-13 Agustus 1991). Kemudian pada 2 Februari 1995, Pater Prapta mengucapkan kaul terakhirnya di Kapel Sekolah Tinggi Filsafat Kateketik (STFK) Pradnyawidya (sekarang Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Prodi Pendidikan Agama Katolik Universitas Sanata Dharma) dan diterima oleh Wakil Provinsial Pater Josephus Ageng Marwata, S.J. dengan gradus spiritual coadjutor.

Riwayat tugas Pater Prapta Diharja, S.J. setelah Tahbisan
Pastor Rekan Gereja St. Yusup Ambarawa 1988-1991
Dosen di Universitas Sanata Dharma Yogyakarta 1991-1998
Studi Khusus program Magister di Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 1998-2000
Minister Seminari Menengah St. Petrus Canisius Mertoyudan 2000-2001
Anggota pendamping siswa-siswi dari Le Cocq, Nabire Yogyakarta 2002
Bendahara Pengurus Yayasan Pembimbing Tenaga Pembangunan Masyarakat (PTPM) Yogyakarta 2008-2020
Pembimbing Rohani teologan Kolese Santo Ignatius Yogyakarta 2018-2021
Dosen di Universitas Sanata Dharma Yogyakarta 2001-wafatnya

Pater Prapta Diharja didiagnosis mengidap penyakit kanker. Senin pagi, 12 September 2022 pukul 03.33 WIB. Pater Joannes Salib Suci Prapta Diharja, S.J. menghadap Bapa dengan damai. Pater Prapta Diharja, selamat beristirahat dalam damai Tuhan. Doakan kami agar bisa menekuni dengan setia hidup dan ziarah di bumi ini.

Misa Requiem dan Pemakaman
Misa Requiem akan dilaksanakan pada
tempat : Gereja St. Antonius, Kotabaru, Yogyakarta
hari, tanggal : Selasa, 13 September 2022
waktu : pukul 08.30 WIB
Setelah itu, jenazah akan dibawa untuk disemayamkan di tempat peristirahatannya yang terakhir di Taman
Makam Maria Ratu Damai, Girisonta, Bergas, Ungaran.